Η διαφοροποίηση του αεροπορικού τοπίου της χώρας μετά την απόρριψη από την Ε.Ε. της συγχώνευσης των Aegean Airlines και Olympic Air έρχεται να διαδεχθεί μια 15ετία, περίπου, όπου αρκετές μικρές εταιρείες προσπάθησαν να εισέλθουν στην ελληνική αεροπορική αγορά. Στην πλειονότητα των περιπτώσεων το εγχείρημα δεν είχε μεγάλη επιτυχία καθώς πολλές από αυτές είτε ακολούθησαν το δρόμο των... συγχωνεύσεων είτε αυτόν του λουκέτου. Σήμερα βέβαια δραστηριοποιούνται στη χώρα μας περίπου 17 εταιρείες οι οποίες εκτελούν στην πλειονότητά τους ναυλωμένες πτήσεις (charter) ή εμπορευματικές πτήσεις (cargo).

Η δεκαετία του ’90 υπήρξε από τις πιο έντονες για το εγχώριο αεροπορικό τοπίο, καθώς από το 1993 μέχρι και πριν από λίγα χρόνια, περίπου 30 εταιρείες διεκδίκησαν μερίδιο στην ελληνική αγορά. Η πιο πρόσφατη περίπτωση, της Athens Airways που πραγματοποίησε την πρώτη της πτήση στις 31 Ιανουαρίου του 2009 και κατέθεσε στην ΥΠΑ την άδεια πτητικής εκμετάλλευσης πριν από λίγες εβδομάδες, καταδεικνύει ότι η βιωσιμότητα των μικρών εταιρειών είναι επισφαλής. Ακόμη και η εταιρεία υδροπλάνων AirSea Lines (Pegasus Aviation), που ανέστειλε το 2009 τις προγραμματισμένες πτήσεις, δεν κατάφερε να επιβιώσει παρά το διαφορετικό προϊόν που ήθελε να εισαγάγει στην ελληνική αγορά, αντιμετωπίζοντας παράλληλα τα κενά στη νομοθεσία για τη λειτουργία υδατοδρομίων.

Ιδιαίτερα γνωστή εταιρεία υπήρξε η Cronus Airlines, συμφερόντων ομίλου Λασκαρίδη, που εκτέλεσε τα πρώτα της δρομολόγια τον Απρίλιο του 1995 και η οποία ενσωματώθηκε πλήρως το 2001 στην Aegean Airlines.

Το 1994 ιδρύθηκε η Air Greece από Κρητικούς επιχειρηματίες, που εκτελούσε, με βάση το Ηράκλειο, τακτικά δρομολόγια, αποτελώντας ουσιαστικά μια από τις πρώτες ανταγωνίστριες της Ολυμπιακής. Το 1999 η Minoan Lines απέκτησε το 51% της αεροπορικής εταιρείας. Ο σκληρός ανταγωνισμός ωστόσο από τις Aegean Airlines, Cronus Airlines και Ολυμπιακή την οδήγησε σε συνεργασία με την Aegean, η οποία κατέληξε σε συγχώνευση των δύο.

Στο κενό έπεσαν και οι προσπάθειες των εταιρειών Cretan Airways (ανέστειλε τη λειτουργία της το 2001 χωρίς να έχει στο ενεργητικό της ούτε μία εμπορική πτήση), Axon Airlines (1999-2001), Galaxy Airways (έκλεισε το 2000), Greece Airways (2003-2007).