Σταθμοί στο χρόνο με ολόκληρα ναυάγια, που θα προσφέρουν στον επισκέπτη την εμπειρία της «καταβύθισης» στο παρελθόν. Ομοιώματα πλοίων, βιντεοπροβολές, χάρτες και διαγράμματα, η ψηφιακή εφαρμογή με το ταξίδι του Οδυσσέα στην Ιθάκη, φορτία εμπορικών πλοίων, τα σκαριά και ο εξοπλισμός τους, καταβυθισμένοι οικισμοί και λιμάνια και φυσικά τα σπουδαία ευρήματα που έχουν ανασυρθεί από τη θάλασσα: αγάλματα και άλλα έργα τέχνης, χρηστικά αντικείμενα, νομίσματα, εμπορικοί αμφορείς. Κι όλα αυτά από την απώτερη αρχαιότητα ως τη νεώτερη εποχή. Με ιδιαίτερη έμφαση επιπλέον στις συμμετοχικές δραστηριότητες παιδιών και νέων και στα εκπαιδευτικά προγράμματα. Αυτά θα περιλαμβάνει μεταξύ πολλών άλλων το Μουσείο Ενάλιων Αρχαιοτήτων, που θα δημιουργηθεί στον Πειραιά σε ένα παλιό βιομηχανικό κτήριο, τις πρώην διαμετακομιστικές αποθήκες σιτηρών, γνωστό ως «Σιλό».

Περί τα 2000 αρχαιολογικά και νεώτερα ευρήματα υπολογίζεται να εκτεθούν στο μουσείο, αντικείμενα που προέρχονται από ναυάγια (φορτίο και τεχνικός εξοπλισμός), παράκτιους οικισμούς και λιμάνια αλλά και από κατασχέσεις και παραδόσεις ιδιωτών.