Ο φάκελος για την ένταξη της Σπιναλόγκας στον κατάλογο μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Unesco προετοιμάζεται από ομάδα εργασίας επιστημόνων προκειμένου να προωθηθεί από την Περιφέρεια Κρήτης για την υποβολή του αιτήματος. Απομένει όμως τώρα το δυσκολότερο μέρος της προετοιμασίας, που αφορά τη διαχείριση του μνημείου, δηλαδή θέματα προστασίας και ανάδειξης της Σπιναλόγκας, τα οποία θα πρέπει να βελτιωθούν και να συμπληρωθούν. 

Το κυριότερο είναι η προστασία του περιβαλλοντικού και πολιτιστικού πλούτου του νησιού αλλά και της ευρύτερης περιοχής. Απαιτείται έτσι η ανάδειξη των ιδιαίτερων πολιτιστικών αξιών της Σπιναλόγκας και η διαφύλαξη της υλικής και άυλης κληρονομιάς του μνημείου.